Nach mehrmonatigen Vorbereitungen im Jahre 1803 und dem Transport lebenswichtiger Expeditionsgüter den Ohio hinab bezieht die Truppe ein Winterlager am Ostufer des Mississippi nahe St. Louis. Am 14. Mai 1804 bricht das "Corps of Discoverya¿oe zur Reise in unbekannte Territorien auf. William Clark schreibt in sein Tagebuch: "Ich ließ 4 Uhr nachmittags im Beisein vieler Leute aus der Umgebung ablegen. Wir fuhren unter einer sanften Brise vier Meilen den Missouri hoch bis zum oberen Ende der ersten Insel...a¿oe Die vermutlich 50 Expeditionsmitglieder ahnten, dass sie eine gefahrenträchtige Reise antraten. Einer von ihnen vertraute seinen Reiseaufzeichnungen ihre Stimmung an: "Es war uns aus sicheren Nachrichten bekannt, dass das Land, das wir durchreisen sollten, von zahlreichen mächtigen und kriegerischen Völkern bewohnt wurde... Wenn wir dem Gerücht und einer allgemeinen Tradition Glauben beimessen wollten, so würden wir auch auf unserem Marsche durch völlig unübersteigliche Berge aufgehalten. Allein dagegen war die gesamte Mannschaft von Mut und Entschlossenheit beseelt. Es herrschte allgemein ein festes Vertrauen in die beiden Anführer, und wir selbst waren von dem Gefühl der Ehre und der Pflicht so lebendig durchdrungen, dass auch nicht die geringste Furcht oder Besorgnis Zugang in unsere Herzen fand.a¿oe Nur ein einziger aus der bunten Truppe (die 2 Captains, 3 Sergeanten, Soldaten, französische Bootsleute, Waldläufer und Dolmetscher, eine junge Indianerin, Sacagawea, mit Mann und Baby, die im Winter 1804/05 zum Corps stoßen, der Schwarze Yorck, Sklave William Clarks) ist nicht zurückgekehrt; am 20. August 1804 stirbt Sergeant Charles Floyd, wahrscheinlich an einer Bauchfellentzündung. Schwer beladen setzen sich an jenem 14. Mai 1804 ein "keelboata¿oe (Flussbarke) und zwei Pirogen flussaufwärts in Bewegung, transportieren Handelswaren und Geschenkartikel (für die zu erwartenden Begegnungen mit indianischen Völkern), Nahrungsmittel, Waffen, Schießpulver, Arzneien, wissenschaftliches Gerät, Schreibutensilien, Whiskey und Tabak nicht zu vergessen, 10 Tonnen wohl alles in allem - drei Boote, die durch Rudern, Staken, Ziehen, günstigstenfalls durch Segeln in Fahrt gehalten werden, wobei die Besatzungen, Tag und Nacht von Moskitoschwärmen bis aufs Blut gequält, angesichts von Sandbänken, Treibholz, Unwettern, tückischen Winden und widrigen Strömungsverhältnissen Schwerstarbeit verrichten müssen. Da verwundert die Disziplin der Truppe, die sich im Fortgang der Expedition stetig verfestigt. Vereinzelte Desertionsversuche, aufrührerisches Verhalten oder die Vernachlässigung von Dienstpflichten in der Frühphase des Unternehmens werden von den Captains streng bestraft; die Abschreckung wirkt ebenso wie das Vorbild der beiden Befehlshaber und die sich ausbreitende Erkenntnis der Notwendigkeit verlässlicher Loyalität und opferbereiter Pflichterfüllung als Voraussetzung für das Gelingen des Projekts. Mit kaum zu erschütterndem Optimismus bestehen Lewis und Clark selbst äußerste Widrigkeiten; und bis zum Sommer1805 wähnen sie sich auf einer Tour, die in einer halbwegs exakt kalkulierten Zeitspanne zu bewältigen sein sollte: Als erste Etappe die Reise zu den Dörfern der Hidatsa- und Mandan-Indianer (beim heutigen Bismarck, der Hauptstadt von North Dakota gelegen), die wenigstens einer Handvoll französischer Händler und Trapper noch halbwegs bekannt war. Im Frühjahr 1805 sollte das "keelboata¿oe mit der naturwissenschaftlichen Ausbeute der vergangenen Monate, den bis dahin gefertigten Landkarten und Tagebuchaufzeichnungen nach St. Louis zurückgeschickt werden. Als zweite Etappe sollte die Kerngruppe weiter stromaufwärts in absolute "terra incognitaa¿oe, möglichst bis zum Ursprung des Missouri vorstoßen, dann entweder die Boote in ein oder zwei Tagesmärschen über die kontinentale Wasserscheide der "Stony Mountainsa¿oe, einem bescheidenen Bergrücken vom Höhenmaß der Appalachen, tragen oder für die Überquerung Pf ...

Lewis war schon als Junge mit dem späteren Präsidenten Thomas Jefferson befreundet. Im Militärdienst traf er auf Captain William Clark, unter dessen Führung er an den Feldzügen gegen die Engländer und deren verbündete Indianerstämme teilnahm. Kurz nach der Amtsübernahme Präsident Jeffersons entstand die Idee einer offiziellen Expedition in den damals noch unerforschten Wilden Westen. Lewis, zu der Zeit hoher Regierungsbeamter, wurde vom Präsidenten persönlich mit der Leitung der Expedition betraut: "Durch Ihre Kenntnisse der westlichen Gebiete, der Armee und deren Interessen und Beziehungen hat es sich als wünschenswert erwiesen, sowohl zum Wohle der Gemeinschaft als auch aus privater Sicht, dass Sie mit dieser Aufgabe betraut werden.a¿oe