Anne wurde am 1. Juni 1533 zur Königin gekrönt, und Mary war eine ihrer Hofdamen. Bis 1534 hatte Mary William Stafford, einen Soldaten und den zweiten Sohn eines Grundbesitzers in Essex, aus Liebe geheiratet. Stafford hatte wenig Einkommen und das Paar war heimlich verheiratet. Als Mary jedoch schwanger wurde, mussten sie ihre Ehe preisgeben. Königin Anne und der Rest der Familie Boleyn waren wütend, dass sie ohne königliche Erlaubnis geheiratet hatte, und das Paar wurde vom Hof verbannt. Mary versuchte, den Berater des Königs, Thomas Cromwell, dazu zu bewegen, in ihrem Namen einzugreifen, aber König Heinrich bekam die Nachricht entweder nie oder wurde nicht zum Handeln bewegt. Ebenso gaben die Boleyns nicht nach, bis Anne es tat; Sie hat Mary etwas Geld geschickt, aber ihre Position am Hof nicht wieder hergestellt. 1536 war Königin Anne in Ungnade gefallen, und sie wurde (zusammen mit ihrem Bruder George und mehreren männlichen Höflingen) verhaftet und wegen Hochverrats, Hexerei und Ehebruchs angeklagt. Mary kommunizierte zu diesem Zeitpunkt nicht mit ihrer Familie - tatsächlich gibt es keine Aufzeichnungen über Kontakte nach Annes kurzer Gabe nach Marys Exil. Anne wurde am 19. Mai 1536 hingerichtet (ihr Bruder war am Vortag hingerichtet worden), und die Überreste der Familie Boleyn verfielen der Ungnade. Mary blieb jedoch unbelastet. Sie und ihre Familie lebten weiterhin von ihrem Land. Maria starb am 19. Juli 1543; Ihre genaue Todesursache ist nicht bekannt.