Neben heimischen Glaskünstlern waren bei der Ausstattung des Münsters die besten und zu ihrer Zeit leistungskräftigsten Werkstätten Süddeutschlands beteiligt. Für die ältesten Chorfenster setzten die Stifter um die Wende des Jahres 1400 auf Import aus der Kunstmetropole Nürnberg. Rat und Kramerzunft ließen um 1480 ihre Fensterplätze im Chor durch Neuschöpfungen aus der berühmten Straßburger Werkstattgemeinschaft Peter Hemmels veredeln. Ein singuläres Zeugnis der Avantgarde ist ferner der dem modernen Realismus niederländischer Malerei verpflichtete heilsgeschichtliche Bilderbogen in der Besserer-Kapelle aus der Werkstatt des Ulmer Glasmalers Hans Acker von 1430/31. Die im Zweiten Weltkrieg untergegangene umfangreiche historistische Farbverglasung des Münsters wurde in den letzten 65 Jahren sukzessive durch moderne Fenster nach Entwürfen von Hans Gottfried von Stockhausen, Dieter Kohler, Klaus Wallner, Peter Valentin Feuerstein, Ludwig Schaffrath, Johannes Schreiter und zuletzt Thomas Kuzio ersetzt.